توضیحات

تحقیق بررسی اثر مهار واریانت Oct4B1 بر پروفایل بیانی ژن های کنترل کننده مسیرهای سلولی مرگ برنامه ریزی شدهتحقیق بررسی اثر مهار واریانت Oct4B1 بر پروفایل بیانی ژن های کنترل کننده مسیرهای سلولی مرگ برنامه ریزی شده

فرمت فایل دانلودی: zip
فرمت فایل اصلی: doc
تعداد صفحات: ۱۱۶
حجم فایل: ۹٫۸۰ کیلوبایت

دانلود تحقیق بررسی اثر مهار واریانت Oct4B1 بر پروفایل بیانی ژن های کنترل کننده مسیرهای سلولی مرگ برنامه ریزی شده

در قالب Word و در ۱۱۶ صفحه، قابل ویرایش، شامل:

فصل اول: کلیات و مروری  بر مطالعات گذشته

۱-۱- تاریخچه

۱-۲- سلول‌های بنیادی

۱-۳- سلول بنیادی سرطان (Cancer Stem Cell)

۱-۴- مکانیسم‌های مولکولی خود بازآفرینی در سلول‌های بنیادی

۱-۵- ژن OCT4

۱-۶- مسیر مرگ برنامه‌ریزی‌شده (Apoptosis Pathways)

۱-۷- استرس(Stress)

۱-۸- طراحی تحقیق و اهمیت آن

فصل دوم: مواد و روش‌ها

۲-۱- تهیه رده‌های سلولی

۲-۲- استخراج RNA تام سلولی

۲-۳- بررسی کمی و کیفی RNA استخراج شده

۲-۳-۱- بررسی جذب نوری با دستگاه اسپکتروفتومتر

۲-۳-۲- الکتروفورز در ژل آگارز

۲-۳-۲-۱- روش تهیه محلول‌ها و بافرهای مورد نیاز در الکتروفورز

۲-۳-۲-۱-۱- محلول EDTA (pH=8 و۰٫۵M)

۲-۳-۲-۱-۲- تهیه بافر TBE 5X

۲-۳-۲-۲- عکس‌برداری از ژل آگارز

۲-۴- واکنش رونویسی معکوس

۲-۵- واکنش PCR

۲-۵-۱- طراحی پرایمرها

۲-۵-۱-۱- آماده‌سازی پرایمرها

۲-۵-۲- واکنش PCR

۲-۵-۳- واکنش Real-Time

۲-۵-۳-۱- انجام واکنش Real-Time PCR

۲-۵-۳-۲- تعیین Efficiency هر جفت پرایمر

۲-۶- سرکوب بیان ژن از طریق استراتژی siRNA

۲-۶-۱- طراحی الیگو نوکلئوتیدهای siRNA

۲-۶-۲- آماده‌سازی سلول‌ها جهت انجام ترانسفکشن siRNAها

۲-۶-۳- تهیه سوسپانسیون و انجام  ترانسفکشن siRNAها

۲-۷- بررسی میزان زنده ماندن سلول‌ها پس از ترانسفکشن با انجام تست MTT

۲-۷-۱- روش تهیه محلول رنگ MTT

۲-۷-۱-۱-  آماده‌سازی سلول‌ها و انجام تست MTT

۲-۷-۲- آنالیز میزان جذب نوری در طول موج ۵۷۰ نانومتر با کمک دستگاه اسپکتروفتومت

۲-۸- بررسی میزان رخداد آپوپتوزیس با روش Annexin-V FLOUS

۲-۸-۱- آماده‌سازی محلول‌های رنگ کیت

۲-۹- تعیین پروفایل بیانی ژن‌های کنترل‌کننده مسیر آپوپتوزیس

۲-۱۰- تعیین پروفایل بیانی ژن‌های کنترل‌کننده مسیر استرس

فصل سوم: نتایج و یافته‌ها

۳-۱- توصیف رده‌های سلولی

۳-۲- تعیین کمیت و کیفیت RNA استخراج شده

۳-۳- بهینه‌سازی شرایط واکنش Real-Time qPCR

۳-۴- تعیین پروفایل بیانی واریانت های OCT4

۳-۴-۱- پروفایل بیانی واریانت های OCT4 در رده‌های سلولی مورد مطالعه

۳-۵- انجام مهار OCT4B1 با تکنولوژی siRNA

۳-۵- تأیید مهار واریانت OCT4B1 در سلول‌های گروه آزمایش

۳-۶- تأثیر مهار واریانت OCT4B1 بر میزان زنده ماندن سلول‌ها(viability)

۳-۷- مهار OCT4B1 باعث افزایش میزان آپوپتوزیس می‌شود

۳-۸- PCR Array

۳-۸-۱- انجام PCR Array و آنالیز نتایج

۳-۸-۲- ژن‌های مورد بررسی در مسیر سلولی مرگ برنامه‌ریزی‌شده

۳-۸-۳-۱- پروفایل بیانی ژن‌های TNF Ligand Family

۳-۸-۳-۲- پروفایل بیانی ژن‌های  TNF Receptor Family

۳-۸-۳-۳- پروفایل بیانی ژن‌های Bcl-2 Family

۳-۸-۳-۴- پروفایل بیانی ژن‌های Caspase Family

۳-۸-۳-۵- پروفایل بیانی ژن‌های IAP Family

۳-۸-۳-۶- پروفایل بیانی ژن‌های TRAF Family

۳-۸-۳-۷- پروفایل بیانی ژن‌های CARD Family

۳-۸-۳-۸- پروفایل بیانی ژن‌های Death Domain Family

۳-۸-۳-۹- پروفایل بیانی ژن‌های Death Effector Domain Family

۳-۸-۳-۱۰- پروفایل بیانی ژن‌های CIDE Domain Family

۳-۸-۳-۱۱- پروفایل بیانی ژن‌های p53 and DNA Damage Response

۳-۸-۳-۱۲- پروفایل بیانی ژن‌های Anti-Apoptosis

۳-۹- ژن‌های مورد بررسی در مسیر سلولی استرس (پروتئین‌های شوک حرارتی و چاپرون ها)

۳-۹-۱- الگوی بیانی ژن‌های مسیر استرس (پروتئین‌های شوک حرارتی و چاپرون ها)

۳-۹-۱-۱- پروفایل بیانی ژن‌های  HSP90 Family Members

۳-۹-۱-۲- پروفایل بیانی ژن‌های  HSP70 Family Members

۳-۹-۱-۳- پروفایل بیانی ژن‌های  HSP40 Family Members

۳-۹-۱-۴- مقایسه پروفایل بیانی ژن‌های  HSP60 Family Members

۳-۹-۱-۵- پروفایل بیانی ژن‌های  Small HSPs

۳-۹-۱-۶- پروفایل بیانی ژن‌های  Other Regulators of Protein Folding

فصل چهارم: بحث، نتیجه‌گیری و پیشنهادها

۴-۱- اهمیت تحقیق و اهداف آن

۴-۲- بررسی بیان واریانت‌های OCT4 در رده‌های سلول سرطانی مورد مطالعه

۴-۳- نقش OCT4B1 در دو مسیر مهم سلولی آپوپتوزیس و استرس سلولی

۴-۴- ارتباط مهار واریانت OCT4B1 با میزان زنده ماندن (viability) سلول‌ها

۴-۵- مهار OCT4B1 باعث افزایش میزان آپوپتوزیس می‌شود

۴-۶- بررسی پروفایل بیانی ژن‌های کنترل‌کننده مسیر آپوپتوزیس به دنبال سرکوب بیان واریانت OCT4B1 در رده‌های سلول سرطانی مورد مطالعه

۴-۷- بررسی پروفایل بیانی ژن‌های مؤثر در مسیر استرس به دنبال سرکوب بیان واریانت OCT4B1 در رده‌های سلول سرطانی مورد مطالعه

۴-۸- نتیجه‌گیری نهایی

۴-۹- پیشنهادات

۴-۱۰- پیوست‌ها

فهرست منابع و مأخذ

چکیده انگلیسی

فهرست شکل‌ها:

شکل ‏۲ ۱: جایگاه پرایمرها روی توالی‌های واریانت های OCT4

شکل ‏۲ ۲: منحنی استاندارد مورد استفاده در تعیین Efficiency واکنش

شکل ‏۲ ۳: تصویر شماتیک یک پلیت PCR Array

شکل ‏۳ ۱: تصویر الکتروفورز نمونه Total RNA استخراج شده از سه رده سلولی مورد مطالعه

شکل ‏۳ ۲: میزان بیان واریانت های OCT4 در رده‌های سلول سرطانی مورد مطالعه. محور افقی: سه رده سلول سرطانی شامل AGS(آدنوکارسینوم معده)، ۵۶۳۷ (تومور مثانه) و U87MG ( تومور بدخیم مغز). محور عمودی: میزان بیان هر واریانت (َA:OCT4A ، B: OCT4B و B1: OCT4B1) نسبت به ژن بتا اکتین (ژن خانگی به‌عنوان کنترل داخلی). تصویر به خوبی نشان می‌دهد که هر سه واریانت A، B و B1 در رده‌های سلولی به کار رفته بیان می‌شوند.

شکل ‏۳ ۳: میزان بیان واریانت OCT4B1 در رده سلولی AGS، ۲۴، ۴۸ و ۷۲ ساعت پس از ترانسفکشن siRNA. محور افقی: دو گروه تست (ترانسفکت شده با OCT4B1 siRNA) و گروه کنترل (ترانسفکت شده با scramble siRNA) رده سلولی  AGS(آدنوکارسینوم معده). محور عمودی: میزان بیان واریانت OCT4B1 در مقایسه با بتا اکتین (ژن خانگی به‌عنوان کنترل داخلی) پس از گذشت ۲۴، ۴۸ و ۷۲ ساعت از ترانسفکشن سلولی

شکل ‏۳ ۴: نتایج تست MTT در رده سلولی AGS. نتایج نشان می‌دهد میزان زنده ماندن سلول‌های ترانسفکت شده با OCT4B1-siRNA در مقایسه با سلول‌های ترانسفکت شده با scramble siRNA کمتر است و این کاهش زنده ماندن با گذشت زمان بیشتر می‌شود.

شکل ‏۳ ۵: نتایج تست فلوسایتومتری میزان رخداد اپوپتوزیس در رده سلولی  AGS، ۴۸ ساعت پس از ترانسفکشن. Test (سلول‌های ترانسفکت شده با OCT4B1 siRNA)، Control (سلول‌های ترانسفکت شده با scramble siRNA). سلول‌های قرار گرفته در مربع پایین سمت راست، نشان‌دهنده سلول‌های اپوپتوتیک می‌باشند. از کیت Annexin-V-FLOUS جهت تعیین درصد سلول‌های آپوپتوتیک استاده شده است.رنگ آنکسین (Annexin-V-FLOUS)، متصل به FITC است که توسط شناساگر FL1 ردیابی می‌شود و رنگ پروپیدیوم آیودید (PI) توسط شناساگر FL3 شناسایی می‌شود.

شکل ‏۳ ۶: نمونه‌ای از نتایج منحنی واکنش (سمت چپ) و منحنی ذوب (سمت راست) تست PCR Array

شکل ‏۳ ۷: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده TNF ligands، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1      Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۸: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده TNF receptors، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۹: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده BCL2 (1)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۰: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده BCL2 (2)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۱۱: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Caspase، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۲: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده IAP، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۳: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده TRAF، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۴: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده CARD، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۵: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Dath Domain، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۶: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Dath Effector، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۷: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده CIDE، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۸: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده P53 and DNA damage (1)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۱۹: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده P53 and DNA damage (2)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1  Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۰: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Anti-apoptosis (1)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۲۱: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Anti-apoptosis (2)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1       Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۲: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP90، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۳: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP70، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۴: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP40 (1)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۲۵: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP40 (2)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۶: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP40 (3)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۷: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP40 (4)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1    Error! Bookmark not defined.

شکل ‏۳ ۲۸: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده HSP60، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۲۹: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Small HSPs، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۳۰: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Other protein folding (1)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1

شکل ‏۳ ۳۱: نمودار تغییرات بیان ژنی خانواده Other protein folding (2)، در سه رده سلولی AGS، ۵۶۳۷ و U87MG، پس از مهار واریانت OCT4B1  Error! Bookmark not defined.

فهرست جداول:

جدول ‏۲ ۱: توالی و مشخصات پرایمرها

جدول ‏۳ ۱: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده TNF ligands به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۲: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده TNF receptor به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۳: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده BCL2 به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۴: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Caspase به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۵: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده IAP به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۶: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده TRAF به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۷: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده CARD به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۸: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Death Domain به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۹: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Death Effector به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۰: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده CIDE به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۱: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده p53 and DNA Damage Response به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۲: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Anti-Apoptosis به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۳: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده HSP90 Family Members به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۴: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده HSP70 Family Members به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۵: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده HSP40 Family Members به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۶: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده HSP60 Family Members به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۷: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Small HSPs به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۳ ۱۸: مشخصات و میزان بیان ژن‌های خانواده Other Regulators of Protein Folding به دنبال مهار واریانت OCT4B1 در سه رده سلولی مورد مطالعه

جدول ‏۴ ۱: ژن‌های کنترل‌کننده مسیر آپوپتوزیس که پس از مهار واریانت OCT4B1 کاهش بیان (Down-regulation) بیش از دو برابر (>2 folds) داشته‌اند

جدول ‏۴ ۲: ژن‌های کنترل‌کننده مسیر آپوپتوزیس که پس از مهار واریانت OCT4B1 افزایش بیان (Up-regulation) بیش از دو برابر (>2 folds) داشته‌اند

جدول ‏۴ ۳: ژن‌های کنترل‌کننده مسیر استرس که پس از مهار واریانت OCT4B1 کاهش بیان (Down-regulation) بیش از دو برابر (>2 folds) داشته‌اند

جدول ‏۴ ۴: ژن‌های کنترل‌کننده مسیر استرس که پس از مهار واریانت OCT4B1 افزایش بیان (Up-regulation) بیش از دو برابر (>2 folds) داشته‌اند

فهرست تصاویر و جداول پیوست:

پیوست ۱٫ درخت ژنی تغییرات بیان ۸۴ ژن مسیر آپوپتوزیس در رده‌های سلولی مورد مطالعه

پیوست ۲٫ بیان افتراقی ژن‌های مسیر آپوپتوزیس در رده‌های سلولی مورد مطالعه

پیوست ۳٫ درخت ژنی تغییرات بیان ۸۴ ژن مسیر استرس سلولی در رده‌های سلولی مورد مطالعه

پیوست ۴٫ بیان افتراقی ژن‌های مسیر استرس سلولی (پروتئین‌های شوک حرارتی و چاپرون ها) در رده‌های سلولی مورد مطالعه

چکیده

سرطان یکی از بیماری‌های مهم انسان است که در خصوص ماهیت ایجاد و گسترش آن و در نتیجه در خصوص درمان آن نیز اطلاعات کاملی وجود ندارد. بنابراین شناخت مکانیسم‌های شکل‌گیری سلول سرطانی بسیار حائز اهمیت است.

در خصوص ایجاد سرطان در بافت‌های بدن انسان نظریات مختلفی مطرح است اما تئوری سلول بنیادی سرطان (Cancer stem cell)، جدیدترین و بااهمیت‌ترین این نظریات است. طبق این نظریه، منشأ سرطان در بدن سلول‌هایی هستند که قدرت بنیادی (Stem cell) دارند این سلول‌ها می‌توانند سلول‌های بنیادی بافتی باشند یا سلول‌های سوماتیکی که به علت تغییرات ژنتیکی خاصیت خودبازآفرینی (Self-renewal) پیدا کره‌اند.

بر این اساس، ژن‌هایی که القاء کننده قدرت نامیرایی هستند مورد توجه قرار گرفتند که یکی از مهم‌ترین این ژن‌ها، OCT4 است.

این ژن با فرایند پردازش افتراقی (Alternative splicing) حداقل سه واریانت مختلف را کد می‌کند (OCT4A، OCT4B و OCT4B1). اخیراً مشخص شده است واریانت OCT4B1 در سلول‌های سرطانی نسبت به دیگر واریانت های OCT4 بیان بالاتری داشته و قدرت سرکوبگری مرگ برنامه‌ریزی‌شده سلول (آپوپتوزیس) دارد. همچنین نشان داده شده است این واریانت به دنبال اعمال استرس سلولی (شوک حرارتی)، به همراه پروتئین‌های شوک حرارتی افزایش بیان پیدا می‌کند…

دیدگاهها

هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.

اولین نفری باشید که دیدگاهی را ارسال می کنید برای “تحقیق بررسی اثر مهار واریانت Oct4B1 بر پروفایل بیانی ژن های کنترل کننده مسیرهای سلولی مرگ برنامه ریزی شده”

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

54 − = 53